《剧场版 再见了假面骑士电王 最后的倒计时》为《假面骑士电王》的剧场版，2008年上映，故事描绘了假面骑士电王的最后一场战斗。桃塔罗斯一行人结束了与异魔神们的战斗，终于过上了悠闲的生活。但最近，街头巷尾盛传，出现了一辆神秘的幽灵列车。叶奈与桃塔罗斯等4位异魔神一起出发寻找，却遇上了遭到绑架的良太郎。在敌人凌厉的攻势下，前来帮忙的侑斗身受重伤。这时，新一任假面骑士电王搭乘着崭新的时空列车前来力挽狂澜！混战中，桃塔罗斯找到了机会和良太郎对话。于是，以良太郎所言——“保护象”和一张车票为线索，桃塔罗斯一行人坐上

2010年，曾经的小学生们已经步入大学，太一、阿和等人步上不同的人生道路，而就在此时，数码宝贝的研究者却告诉他们：“被选召的孩子们”长大成人后，数码宝贝也将随之消失…

1995年，东京发生了连环绞杀案，五人被害，凶手无影无踪，该案成为悬案。2017年，就在该案早已过了诉讼有效期之时，一位名叫曾根崎雅人的男子出版了一本《我是杀人犯》的告白书，声称自己是22年前连环杀人案的凶手，并嘲笑警方无能。此举震惊了整个日本社会，面对受害者家属的愤怒，警方却束手无策。作为当年调查案件的刑警，牧村航多年来从未放弃追捕真凶，对于曾根崎雅人的话他将信将疑，一场激烈的猫鼠游戏在两人之间展开。