疯狂博士苏伦野心勃勃，藉着超卓武器毁灭宇宙，并走到一处没有时空界限的领域，进行连串恐怖计划。为了挽救人类安危，23世纪的太空船冒险号的队长寇克决定穿梭时空，与24世纪的冒险号船长比加会合，阻止外星侵略行动。

干庄领导武林，干庄总管之子左奇（程天赐 饰）与少庄主干云更情同兄弟。一日干庄庄主及左父为副总管阴秀（余太平 饰）所害，左奇身受重伤，堕入魔宫，遇阿修罗魔宫主者，左奇为报仇立誓以身事魔，得赐九子母天魔随身，返回阳间，救了干云，并做法杀死众仇人。九子母天魔为一母八子，须吸食人的精血为生，平日化作骷髅项链戴在左奇身上。左奇此后不得不四处做法害人，得名小煞星。干庄复兴，江湖中人来贺，罗堡堡主（鹿峰饰）及福家三兄弟（江生、丁华宠等饰）为夺武林领袖之位，杀害干云，左奇及他的九子母天魔继续报仇之旅，后经大师点化，与九子

在很久以前，古代中原之地，粮田万顷，稻谷飘香。而近邻塞外野狼族一直对这片富庶之地一直虎视眈眈。于是，十二年之后，一纸战书传来。一场大战避无可避！　　凤凰古城中，命运的造化将拾儿、红袖、九斤、巨象、大花面、狂牛这六个普通少年推向了这场战争的风口浪尖。　　拾儿，他本是一名孤儿。因常年在果栏做苦力，并跟随年迈的师父修习武艺，练成独门绝技“飞云连环腿”，与年龄相仿的五个少年一起无拘无束玩耍，而内心深处共同怀揣着炙热的惩恶扬善以及武侠梦欢乐成长！　　兵临城下，而几位少年的离奇身世随之浮出水面——那个挑起战火的野狼族

为了阻止扰乱各个“关键时刻”达成自己阴谋的柠檬博士。凯奇、闪电猫、艾尔、嘟嘟公主，四名超能小英雄组成的奇趣特工队与青青一同奋战。他们化身超时空奇兵，并与不同时代的伟人名人一起齐心协力，一次又一次的挫败柠檬博士的计划。然而就在这时，一直协助奇趣特工的青青却被未来世界的超级特工以扰乱时空为名通缉。奇趣特工队在解决时空奇点之际，需要同时找出真相，拯救自己的伙伴。一场事关全时空的最终决战，即将打响。

故事承接上一季，未来世界的大坏蛋柠檬博士颠覆时空，破坏各种影响世界历史的关键时刻。为了守护历史保卫来之不易的现代世界。凯奇、闪电猫、艾尔、嘟嘟公主组化身超时空奇兵。为了阻止柠檬博士，特工们齐心协力，凭借勇敢与智慧，开始了一场比以往更艰巨，规模也更大的时空守护战。

奇趣特工队一如既往保护着小镇和平，然而来自未来的少女青青向特工们传达了一件紧急状况。一名未来世界的坏蛋柠檬博士，企图穿越时空捣乱破坏所有关键时刻。为了保护世界，奇趣特工队化身超时空奇兵，回到不同地域不同时代的过去，并和各个时代的伟人名人并肩合作，展开了一场了解过去，守护过去，拯救过去的时空大作战。