《庚子风云》讲述的是公元1900年及中国历庚子年，八国联军攻占北京，并占领紫禁城，皇太后慈禧为避祸携光绪帝、大阿哥等人仓惶逃离皇宫，来到西安，最后又安全回宫的故事。慈禧太后临行前，由于政治立场不同的仇恨，将光绪皇帝深爱的妃子珍妃推入井中杀害。而当太后历尽千难万险来到古都西安时，却发现当地戏班的花魁白牡丹竟和珍妃长得一模一样！而这位本名斯琴的白牡丹却与在慈禧太后等人逃难至西安这条西行路上，给予了他们莫大帮助的一位从欧洲留洋五年回国的爱国青年陈然有着夙世姻缘，同时她也和陕西巡抚韩雨轩同样有着千丝万缕的关系。

　　清军主力入关后，大清王朝定都北京。经过明末清初的战火摧残，华夏大地急需太平安宁。但就在顺治十八年，恶疾天花袭击皇宫，皇帝爱妃命丧黄泉，顺治皇帝痛不欲生，决意遁入空门。危急之际，孝庄太后力挽狂澜，下令改朱批，行蓝批，同时立下诏书：清顺治十八年正月初七，顺治皇帝龙御归天。公元1661年，在孝庄太后的扶植下，天花大病初愈、年仅八岁的爱新觉罗·玄烨登上了大清皇帝的龙座，称康熙皇帝。翌年改元康熙。

清朝末年，紫禁城中洋溢着外喷内张的紧绷气氛。满洲亲贵们见政权岌岌可危，充满危机感，故格外揽权，引起朝野有识之士的极度不满。颖捃王之女宝龄格格，自幼温柔清秀，灵巧客人，深得隆裕太后喜爱，时常被唤进宫程欢膝下。隆裕太后曾在说笑间欲将宝龄指婚给和亲王之子多罗贝勒溥俊，权贵们也认为他俩是门当户对的一对璧人。溥俊为人聪明、豪爽、霸气、深以爱新觉罗皇统为荣，他积极训练禁卫军，是保守派的先锋。但他也觉得大清国不变革是不行的。溥俊深爱宝龄，痴等宝龄下嫁，但宝龄却爱上父亲门生陈思翰。陈思翰不慕荣利、两袖清风，看似温文实则刚