故事发生以明朝正德年间，陕西省宝鸡府凤翔县。世袭指挥秦昆鹏的母亲给孙玉凤送去一只玉镯，孙玉凤回赠一幅荷花图，两家定亲。尤彩凤的舅父母褚生和贾氏夜宿尤家，双双被害，贾氏人头也不知去向。尚朝奉夜拾包袱，见是女人头颅，丢入朱砂井中。他害怕伙计孙玉秀报官，将他推入井中害死。第二天到县衙告状，谎说孙玉秀偷银窃物后逃走。县令钱树于受书吏任义操纵，判孙玉秀的父亲孙国安赔偿，孙国安不服，被押进监牢。孙玉凤父亲被押，上堂辩理，钱树青说她无理取闹，将她押在狱中。女牢中，龙彩凤细说原委，秦昆鹏的未婚妻孙玉凤见此案有冤，决心去府

在少林寺传奇3的演员阵容颇为豪华，除了第一部的李渊、谢苗、孙卉凝、潘元甲等老班底，还加入了嵩山少林寺武僧--徐鹏军（法名：释延君）和武打童星曹骏，全国武术冠军许明虎，以及大哥大--洪金宝的加盟！另外，鲍国安将再次与都晓导演合作，出演《少林寺传奇3》。曾在《少林寺传奇1》中，鲍国安饰演剧中的少林寺方丈，深受观众的喜爱，这次鲍国安老师再次扮演少林寺方丈。计春华则将从以往的反面变身正派！

女公安伊翔与乘警李帆是一对恋人，他俩去深圳旅行，在回杭州途中，巧遇毒匪高鹏飞和张振华合伙作案。伊翔、李帆挺身而出联同武警战士与悍匪激战，张振华当场被击毙。高鹏飞誓要报仇，并将制毒基地转移到杭州。浙江省公安厅亦已收到线报，公安局长抽调了大案组冯宵及郑杰负责调查，再加上勇敢的伊翔，一队缉毒先锋就此组成。凶狠的高鹏飞设下陷阱要炸死冯宵和伊翔，幸亏两人机智过人，避过大难。缉毒先锋直捣匪穴，激战过后，毒枭高鹏飞被击毙，匪帮土崩瓦解。